Семенные растения, появившиеся около 360 млн лет тому назад, — это господствующая в настоящее время группа высших растений. Семенные растения подразделяют на два отдела: голосеменные — Pinophyta (Gymnospermae), размножающиеся семенами, но не образующие плодов, и покрытосеменные — Magnoliophyta (Angiospermae) с семенами, заключенными в плоды.

Общее направление эволюции шло в направлении редукции гаметофита и дальнейшего развития спорофита 

Семя — новый орган, возникший в процессе эволюции для размножения растений. Семя содержит зародыш будущего растения — спорофита. В состав зародыша входят зародышевый корешок, стебелек, почечка и зародышевые листья (семядоли). Зародыш защищен семенной кожурой и имеет запас питательных веществ, в отличие от одноклеточной споры, в которой запас питательных веществ небольшой, отчего она быстро теряет всхожесть. Семя имеет приспособления для расселения, проходит период покоя при прорастании, т.е. процесс прорастания наступает при более благоприятных условиях.

Таблица . Эволюционные отличия высших споровых и семенных растений

Высшие споровые	Семенные
1. Половой процесс связан с водной средой	1. Независимоть полового процесса от водной среды, наличие пыльцевой трубки для процесса оплодотворения
2. Гаметофит свобод ножи вущи й	2. Гаметофиты редуцированы, развиваются внутри спорангиев
3. Размножаются одноклеточными спорами	3. Размножаются многоклеточными семенами
4. Равно- и разноспоровые	4. Только разноспоровые
5. Зародыш не имеет покровных оболочек	5. Зародыш находится под покровом оболочек семени

В цикле развития спорофит получил полное господство над гаметофитом. Гаметофит крайне редуцирован, утратил самостоятельное существование и полностью зависит от спорофита, на котором он образуется и формируется.

Половой процесс у семенных растений не связан с капельножидкой средой. Благодаря такой независимости эти растения получили возможность расселиться по всей поверхности Земли и стать господствующей группой растений. Важным прогрессивным приспособлением, исключающим зависимость процесса оплодотворения от водной среды, явилось возникновение в процессе эволюции пыльцевой трубки, доставляющей мужские гаметы к яйцеклетке.